يعد قسم الشؤون القانونية واحد من اهم الاقسام الحيوية في رئاسة جامعة النهرين وذلك حسب طبيعة المهام الموكلة للقسم ويرتبط القسم من حيث الهيكل التنظيمي الاداري بمساعد رئيس الجامعة للشؤون الادارية, يتألف من أربعة شعب قانونية وكما يلي :-
اولاً: شعبة الاستشارات القانونية: تتولى الشعبة مسؤولية تقديم الرأي والمشورة القانونية في الامور المعروضة عليها من رئاسة الجامعة وتشكيلاتها .
ثانياً : شعبة الحقوق والدعاوى : تتولى الشعبة تمثيل الجامعة امام المحاكم والهيئات والدوائر ذات الاختصاص القضائي والقانوني وتوكيل الموظفين الحقوقيين للترافع امام المحاكم في الدعاوى والشكاوى المقامة من قبل الجامعة او عليها ومتابعتها في جميع مراحل التقاضي لحين صدور القرارات القضائية المكتسبة الدرجة القطعية ومتابعة تنفيذ تلك القرارات في دوائر التنفيذ المختصة كما تضطل الشعبة بمهام تشكيل اللجان التحقيقية والتدقيقية والمشاركة في رئاستها او عضويتها ورفع محاضرها للمصادقة وتنفيذتوصيات تلك اللجان ومتابعتها مع اقسام وتشكيلات الجامعة كافة.
ثالثاً: شعبة العقود والكفالات : تتولى الشعبة مهام اعداد التعهدات والكفالات الخاصة بموظفي الملاك وطلبة البعثات والزمالات والاجازات الدراسية (الماجستير والدكتوراه ) في الجامعة ومصادقتها ومتابعة مواقف الطلبة المبتعثين المخلين بالتزاماتهم التعاقدية واجراء تدقيق محاضر التسوية الرضائية على وفق احكام قانون تحصيل الديون الحكومية رقم (56) لسنة 1977 المعدل , كما تقوم الشعبة بتنظيم استمارات الاستلال العلمي للرسائل والاطاريح بالتنسيق مع قسم الشؤون العلمية.
رابعاً: شعبة الاملاك والسكن الجامعي : تقوم الشعبة بمتابعة كافة الاجراءات القانونية الخاصة بأملاك الجامعة مع الجهات ذات العلاقة لغرض اعادة تخصيص قطع الاراضي العائدة الى الجامعة في ( المجمع الشمالي والمجمع الجنوبي) , كما تضطلع الشعبة بتدقيق عقود الايجار بالتنسيق مع شعبة العقود الحكومية وابداء الملاحظات القانونية على تلك العقد .